Журнал «Медицинская иммунология» учрежден Санкт-Петербургским региональным отделением Российской Ассоциации Аллергологов и Клинических Иммунологов и был зарегистрирован Северо-Западным региональным управлением Государственного комитета РФ по печати 26.03.99г. (свидетельство о регистрации № П 3612), а в дальнейшем перерегистрирован в Министерстве РФ по делам печати, телерадиовещания и средств массовых коммуникаций (свидетельство о регистрации средства массовой информации ПИ №77-15892 от 30.06.2003г.). В 1999 году журнал получил номер международной регистрации ISSN 1563-0625. Тираж 1000 экз. Периодичность 6 номеров в год. Объем каждого номера составляет 13-14 печатных листов.

Журнал распространяется по всей территории Российской Федерации и в странах СНГ. С 2001 года журнал внесен в реестр подписных изданий: подписной индекс в каталоге «Роспечать» – 83030, в каталоге «Пресса России» – 42311.

В состав редколлегии журнала входят 14 специалистов, представляющие ведущие научные центры Северо-Западного региона, Москвы и Новосибирска. Среди них 6 академиков и 3 член-корреспондента РАН. Международный редакционный совет представлен 8 специалистами из США, Бразилии, Германии, Венгрии, Чехии, Израиля, Южной Кореи.

Целью издания является пропаганда научных достижений фундаментальной и клинической иммунологии для различных областей медицины, публикация обзоров, лекций, статей ведущих отечественных и зарубежных специалистов в области фундаментальной и экспериментальной иммунологии, клинической иммунологии, аллергологии, иммунодиагностики и иммунотерапии инфекционных, аллергических, аутоиммунных и онкологических заболеваний. Все публикуемые в журнале статьи, обзоры и лекции проходят обязательное рецензирование членами редколлегии. В журнале также публикуются работы зарубежных специалистов. Авторами примерно 40% публикаций являются молодые ученые. Традиционными разделами журнала являются: оригинальные статьи, лекции, обзоры, «точка зрения», краткие сообщения, новые иммунологические методы, случаи из практики, дневник иммунолога, книжное обозрение.

С 2001 года решением ВАК Минобразования России журнал «Медицинская иммунология» регулярно входит в «Перечень периодических научных и научно-технических изданий, выпускаемых в РФ, в которых рекомендуется публикация основных результатов диссертаций на соискание ученой степени доктора наук».

C июня 2016 года журнал «Медицинская иммунология» включен в международную базу Scopus.

С 2006 года издание журнала «Медицинская иммунология» регулярно поддерживается грантами Комитета по науке и высшей школе Правительства Санкт-Петербурга.

По состоянию на ноябрь 2017 года согласно данным анализа «Российского индекса научного цитирования» (РИНЦ) импакт-фактор для журнала «Медицинская иммунология» двухлетний составил – 0,907, а пятилетний – 0,636, при показателе самоцитируемости 9,5 % (подробная информация на сайте: www.elibrary.ru)