Журнал «Медицинская иммунология» учрежден Санкт-Петербургским региональным отделением Российской Ассоциации Аллергологов и Клинических Иммунологов и был зарегистрирован Северо-Западным региональным управлением Государственного комитета РФ по печати 26.03.99г. (свидетельство о регистрации № П 3612), а в дальнейшем перерегистрирован в Министерстве РФ по делам печати, телерадиовещания и средств массовых коммуникаций (свидетельство о регистрации средства массовой информации ПИ №77-15892 от 30.06.2003г.). В 1999 году журнал получил номер международной регистрации ISSN 1563-0625.

В состав редколлегии журнала входят 14 специалистов, представляющие ведущие научные центры Северо-Западного региона, Москвы и Новосибирска. Среди них 6 академиков 3 член-корреспондента РАН. Международный редакционный совет представлен 8 специалистами из США, Бразилии, Германии, Венгрии, Чехии, Израиля, Кореи.

С 2001 года по настоящее время решением ВАК Минобразования России журнал «Медицинская иммунология» регулярно входит в «Перечень периодических научных и научно-технических изданий, выпускаемых в РФ, в которых рекомендуется публикация основных результатов диссертаций на соискание ученой степени доктора наук».

C июня 2016 года журнал «Медицинская иммунология» включен в международную базу Scopus.

С 2006 года издание журнала «Медицинская иммунология» регулярно поддерживается грантами Комитета по науке и высшей школе Правительства Санкт-Петербурга.

По состоянию на ноябрь 2017 года согласно данным анализа «Российского индекса научного цитирования» (РИНЦ) импакт-фактор для журнала «Медицинская иммунология» двухлетний составил – 0,907, а пятилетний – 0,636, при показателе самоцитируемости 9,5 % (подробная информация на сайте: www.elibrary.ru)