Сравнительный анализ результатов типирования HLA-генов методом NGS с использованием различных платформ

Секвенирование нового поколения (next generation sequencing, NGS), позволяющее проводить массовое HLA-типирование на уровне от высокого до аллельного разрешения, быстро завоевало позицию наиболее распространенного и максимально информативного метода определения генов главного комплекса гистосовместимости (HLA-генов). Метод характеризуется сочетанием экономической и технологической эффективности. HLA-типирование методом NGS выполняется с помощью специальных платформ (генетических секвенаторов). Наиболее распространенной платформой является MiSeq (Illumina, США). В настоящее время техническое обслуживание этого прибора затруднено, что вызвало необходимость поиска аналогов, не уступающих по производительности и качеству HLA-типирования. Целью нашего исследования являлся сравнительный анализ результатов HLA-типирования методом NGS с использованием платформ MiSeq (Illumina, США) и FastaSeq 300 (GeneMind, Китай). В исследование включены образцы ДНК, выделенные из ядросодержащих клеток периферической крови доноров, вступивших в Федеральный регистр доноров гемопоэтических стволовых клеток (ГСК): 12 образцов получены и проанализированы в ФГБУ РосНИИГТ ФМБА России и 24 образца – в ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России. HLA-типирование всех образцов выполнено дважды: с использованием секвенатора MiSeq и секвенатора FastaSeq 300. Результаты HLA-типирования 12 образцов из ФГБУ РосНИИГТ ФМБА России, полученные на двух платформах, совпали. Аллель гена DRB1 одного из образцов представлен в виде группы P при применении MiSeq, но группы G в случае FastaSeq 300. Результаты HLA-типирования 24 образцов из ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России, полученные на двух платформах, также совпали. Однако для 10 образцов наблюдались различия в уровне разрешения HLA-типирования. Более высокий уровень разрешения при применении MiSeq получен для генов: B – 2 случая; С, DRB3, DRB4 – по 3 случая. При использовании FastaSeq 300 более высокий уровень разрешения имел место несколько чаще и установлен для генов: DRB1 – 4, DQB1 – 7, DPA1 – 10 случаев. Различия в уровне разрешения HLA-типирования некоторых образцов не являются критическими, так как в настоящее время для подбора пары донор-реципиент ГСК используются результаты высокоразрешающего типирования. Полученные данные свидетельствуют о возможности эффективного использования секвенатора FastaSeq 300 для HLA-типирования. Целесообразно провести аналогичный анализ на основе обследования пациентов с различными нозологическими формами заболеваний, лечение которых требует проведения аллогенной трансплантации ГСК.

1. Кузьмич Е.В., Алянский А.Л., Иванова Н.Е., Витрищак А.А., Владовская М.Д., Морозова Е.В., Бондаренко С.Н., Семенова Е.В., Зубаровская Л.С., Афанасьев Б.В. Анализ результатов аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток в зависимости от степени HLA-подбора пациента и неродственного донора // Онкогематология, 2014. № 3. С. 25-31.

2. Хамаганова Е.Г., Хижинский С.П., Абдрахимова А.Р., Кузьминова Е.П., Леонов Е.А., Покровская О.С., Кузьмина Л.А., Паровичникова Е.Н. Мультилокусные HLA-гаплотипы (A-B-C-DRB1-DRB3/ DRB4/DRB5-DQA1-DQB1-DPA1-DPB1) в семьях больных с назначением к трансплантации аллогенных гемопоэтических стволовых клеток // Медицинская иммунология, 2024. Т. 26, № 2. С. 291-302. doi: 10.15789/1563-0625-MHH-2651.

3. Янкевич Т.Э., Трофимов Ю.Д., Болдырева М.Н., Шубина Е.С., Гольцов А.Ю., Алтухова О.С., Суслова Т.А. Разработка системы «HLA-эксперт» для типирования генов HLA с высоким разрешением методом NFS. Опыт использования // Вестник гематологии, 2018. Т. 14, № 2. С. 56.

4. Loginova M., Smirnova D., Paramonov I. A Novel HLA-B*57 allele, HLA-B*57:163, was identified by next generation sequencing typing. HLA, 2023, Vol. 101, no. 2, pp. 171-172.

5. Standards for histocompatibility & immunogenetics testing [date of access March 2024]. Available at: http://www.efiweb.org.