ОПРЕДЕЛЕНИЕ РЕФЕРЕНСНЫХ ИНТЕРВАЛОВ TREC И KREC ДЛЯ СКРИНИНГА НОВОРОЖДЕННЫХ С ИММУНОДЕФИЦИТНЫМИ СОСТОЯНИЯМИ В РФ
https://doi.org/10.15789/1563-0625-2019-3-527-538
Аннотация
В настоящей работе мы использовали популяционную выборку сухих пятен крови новорожденных на картах Гатри размером 2739 индивидуальных образцов для определения референсного интервала значений молекул ДНК TREC и KREC с целью диагностики первичных иммунодефицитных состояний в неонатальном скрининге. Медиана полученных абсолютных значений TREC и KREC составила 195 (CI95%: 185-206) и 185 (CI95%: 176-197) копий на мкл, соответственно, нормированных значений для TREC – 2780 (CI95%: 2690-2840) и для KREC – 2790 (CI95%: 2700-2900) копий на 2 × 105 копий гена альбумина или 105 ядросодержащих клеток. Референсный интервал рассчитывался для 99 и 99,9 перцентилей всех величин TREC и KREC. Для фильтрации «выпадающих» значений (outliers) был применен критерий Тьюки после логарифмической трансформации данных, ввиду их несимметричного распределения. При анализе абсолютных значений (TREC/KREC на мкл крови) не было идентифицировано «выпадающих» значений TREC, для KREC из дальнейшего анализа было исключено 18 значений (от 9,8 до 13,5). В нормированных значениях TREC/KREC «выбросов» не выявлено. Полученные референсные значения TREC и KREC (на уровне 0,1 перцентиля) составили 458 и 32 на 105 ядросодержащих клеток, 23 и 17 на мкл крови новорожденных соответственно.
Ключевые слова
Об авторах
М. А. ГордуковаРоссия
биолог клинической диагностической лаборатории
123317, Москва, Шмитовский проезд, 29.
Тел.: 8 (499) 256-21-62. Факс: 8 (499) 256-61-27.
И. А. Корсунский
Россия
к.м.н., заведующий Московским городским центром детской иммунологии и аллергологии
Ю. В. Чурсинова
Россия
заведующая отделением организации и сопровождения клинических исследований, ассистент кафедры клинической лабораторной диагностики факультета усовершенствования врачей
г. Москва
М. М. Бяхова
Россия
к.м.н., старший научный сотрудник патологоанатомического отделения
г. Москва
И. П. Оскорбин
Россия
к.б.н., младший научный сотрудник лаборатории фармакогеномики
г. Новосибирск
А. П. Продеус
Россия
д.м.н., профессор, заместитель главного врача по инфекционным болезням, Москва;
профессор-консультант, г. Калининград.
М. Л. Филипенко
Россия
к.б.н., заведующий лабораторией фармакогеномики; заведующий лабораторией змолекулярной диагностики
г. Новосибирск
Список литературы
1. Гордукова М.А., Оскорбин И.П., Мишукова О.В., Зимин С.Б., Зиновьева Н.В., Давыдова Н.В., Смирнова А.С., Никитина И.А., Корсунский И.А., Филипенко М.Л., Продеус А.П. Разработка набора реагентов для количественного определения молекул ДНК TREC и KREC в цельной крови и сухих пятнах крови методом мультиплексной ПЦР в режиме реального времени // Медицинская иммунология, 2015. Т. 17, № 5. С. 467-478. doi:10.15789/1563-0625-2015-5-467-478.
2. ГОСТ Р 53022.3 – 2008 Национальный стандарт Российской Федерации. Технологии лабораторные клинические. Требования к качеству клинических лабораторных исследований. Часть 3. Правила оценки клинической информативности лабораторных тестов.
3. Дерябина С.С., Тузанкина И.А., Шершнев В.Н. Определение нормативных значений TREC и KREC в сухих пятнах крови новорожденных разного срока гестации в Свердловской области // Медицинская иммунология, 2018. Т. 20, № 1. С. 85-98. doi: 10.15789/1563-0625-2018-1-85-98.
4. Приказ Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации от 22.03.2006 N 185 «О массовом обследовании новорожденных детей на наследственные заболевания»
5. Abdelhaleem M., Adeli K., Bamforth F., Callahan J., Chan A., Cheung Chan P., Delvin E., Dooley K., Fu L., Grey V., Kahr W., Lepage N., Lyon M., Meng Q., Potter M., Verjee Z. An editorial on behalf of the CALIPER investigators. Pediatric reference intervals: critical gap analysis and establishment of a national initiative. Clinical Biochemistry, 2006, Vol. 39, pp. 559-560.
6. Adams S.P., Rashid S., Premachandra T., Harvey K., Ifederu A., Wilson M.C., Gaspar H.B. Screening of neonatal UK dried blood spots using a duplex TREC screening assay. J. Clin. Immunol., 2014, Vol. 34, pp. 323-330.
7. Al-Mousa H., Al-Dakheel G., Jabr A., Elbadaoui F., Abouelhoda M., Baig M., Monies D., Meyer B., Hawwari A., Dasouki M. High incidence of severe combined immunodeficiency disease in saudi arabia detected through combined T cell receptor excision circle and next generation sequencing of newborn dried blood spots. Front. Immunol., 2018, Vol. 9, 782. doi: 10.3389/fimmu.2018.00782.
8. Audrain M.A.P., Léger A.J.C., Hémont C.A.F., Mirallié S.M., Cheillan D., Rimbert M.G.M., Le Thuaut A.M., Sébille-Rivain V.A., Prat A., Pinel E.M.Q., Divry E., Dert C.G.L., Fournier M.A.G., Thomas C.J.C. Newborn Screening for severe combined immunodeficiency: Analytic and clinical performance of the T cell receptor excision circle assay in France (DEPISTREC Study). J. Clin. Immunol., 2018, Vol. 38, no. 7, pp. 778-786.
9. Barbaro M., Ohlsson A., Borte S., Jonsson S., Zetterström R.H., King J., Winiarski J., von Döbeln U., Hammarström L. Newborn screening for severe primary immunodeficiency diseases in Sweden – a 2-year pilot TREC and KREC screening study. J. Clin. Immunol., 2017, Vol. 1, pp. 51-60.
10. Blom M., Pico-Knijnenburg I., Sijne-van Veen M., Boelen A., Bredius R.G.M.., van der Burg M., Schielen P.C.J.I. An evaluation of the TREC assay with regard to the integration of SCID screening into the Dutch newborn screening program. Clin. Immunol., 2017, Vol. 180, pp. 106-110.
11. Borte S., Meeths M., Liebscher I., Krist K., Nordenskjöld M., Hammarström L., von Döbeln U., Henter J.I., Bryceson Y.T. Combined newborn screening for familial hemophagocytic lymphohistiocytosis and severe T- and B-cell immunodeficiencies. J. Allergy Clin. Immunol., 2014, Vol. 134, no. 1, pp. 226-228.
12. Borte S., von Dobeln U., Fasth A., Wang N., Janzi M., Winiarski J., Sack U., Pan-Hammarström Q., Borte M., Hammarström L. Neonatal screening for severe primary immunodeficiency diseases using high-throughput triplex real-time PCR. Blood, 2012, Vol. 119, pp. 2552-2555.
13. Chien Y.H., Chiang S.C., Chang K.L., Yu H.H., Lee W.I., Tsai L.P., Hsu L.W., Hu M.H., Hwu W.L. Incidence of severe combined immunodeficiency through newborn screening in a Chinese population. J. Formos. Med. Assoc., 2015, Vol. 114, pp. 12-16.
14. Chien Y.H., Yu H.H., Lee N.C., Ho H.C., Kao S.M., Lu M.Y., Jaing T.H., Lee W.I., Chang K.W., Shieh C.C., Chen J.S., Chiang S.C., Liu C.C., Hwu W.L. Newborn screening for severe combined immunodeficiency in Taiwan. Int. J. Neonatal Screen., 2017, Vol. 3, no. 16, 12 p.
15. D’Agostino R.B., Belanger A., d’Agostino R.B. Jr. A suggestion for using powerful and informative tests of normality. Am. Statistician, 1990, Vol. 44, no. 4, pp. 316-321.
16. Dar N., Gothelf D., Korn D., Frisch A., Weizman A., Michaelovsky E., Carmel M., Yeshayahu Y., DubnovRaz G., Pessach I.M., Simon A.J., Lev A., Somech R. Thymic and bone marrow output in individuals with 22q11.2 deletion syndrome. Pediatr Res., 2015, Vol. 77, no. 4, pp. 579-585.
17. de Felipe B., Olbrich P., Lucenas J.M., Delgado-Pecellin C., Pavon-Delgado A., Marquez J., Salamanca C., Soler-Palacin P., Gonzalez-Granado L.I., Antolin L.F., Borte S., Neth O. Prospective neonatal screening for severe T- and B-lymphocyte deficiencies in Seville. Pediatr Allergy Immunol., 2016, Vol. 27, no. 1, pp. 70-77.
18. Dixon W.J. Processing data for outliers. Biometrics, 1953, Vol. 9, no. 1, pp. 74-89.
19. Ezzelle J., Rodriguez-Chavez I.R., Darden J.M., Stirewalt M., Kunwar N., Hitchcock R., Walter T., D’Souza M.P. Guidelines on good clinical laboratory practice: bridging operations between research and clinical research laboratories. J. Pharm. Biomed. Anal., 2008, Vol. 46, no. 1, pp. 18-29.
20. Froňková E., Klocperk A., Svatoň M., Nováková M., Kotrová M., Kayserová J., Kalina T., Keslová P., Votava F., Vinohradská H., Freiberger T., Mejstříková E., Trka J., Sedivá A. The TREC/KREC assay for the diagnosis and monitoring of patients with DiGeorge syndrome. PLoS ONE, 2014, Vol. 9, no. 12, e114514. doi:10.1371/journal.pone.0114514.
21. Grasbeck R., Saris N.E. Establishment and use of normal values. Scand. J. Clin. Lab. Invest., 1969, Vol. 26, pp. 62-63.
22. Gul K.A., Øverland T., Osnes L., Baumbusch L.O., Pettersen R.D., Lima K., Abrahamsen T.G. Neonatal levels of T-cell receptor excision circles (TREC) in patients with 22q11.2 deletion syndrome and later disease features. J. Clin. Immunol., 2015, Vol. 35, pp. 408-415.
23. Horn P.S., Pesce A.J. Reference intervals: an update. Clinica Chimica Acta, 2003, Vol. 334, iss. 1-2, pp. 5-23.
24. Horowitz G.L, Altaie S., Boyd J.C., Ceriotti F., Garg U., Horn P., Pesce A., Harrison E. Sine H.E., Zakowski J. National Committee for Clinical Laboratory Standards EP28-A3c defining, establishing, and verifying reference intervals in the clinical laboratory; Approved guideline. Third Edition. Vol. 28, no. 30.
25. Kamae C., Nakagawa N., Sato H., Honma K., Mitsuiki N., Ohara O. Common variable immunodeficiency classification by quantifying T-cell receptor and immunoglobulin κ-deleting recombination excision circles. J. Allergy Clin. Immunol., 2013, Vol. 131, pp. 1437-1440.e5.
26. Kanegae M.P.P., Barreiros L.A., Sousa J.L., Brito M.A.S., Oliveira E.B. Jr., Soares L.P., Mazzucchelli J.T.L., Fernandes D.Q., Hadachi S.M., Holanda S.M., Guimarães F.A.T.M., Boacnin M.A.P.V.V., Pereira M.A.L., Bueno J.M.C., Grumach A.S., Gesu R.S.W.D., Santos A.M.N.D., Bellesi N., Costa-Carvalho B.T., Condino-Neto A. Screening for severe combined immunodeficiencies using trecs and krecs: second pilot study in brazil. Rev. Paul Pediatr., 2017, Vol. 35, no. 1, pp. 25-32.
27. Kraus M., Lev A., Simon A.J., Levran I., Nissenkorn A., Levi Y.B., Berkun Y., Efrati O., Amariglio N., Rechavi G., Somech R. Disturbed B and T cell homeostasis and neogenesis in patients with ataxia telangiectasia. J. Clin. Immunol., 2014, Vol. 34, no. 5, pp. 561-572.
28. Kwan A., Abraham R.S., Currier R., Brower A., Andruszewski K., Abbott J.K., Baker M., Ballow M., Bartoshesky L.E., Bonilla F.A., Brokopp C., Brooks E., Caggana M., Celestin J., Church J.A., Comeau A.M., Connelly J.A., Cowan M.J., Cunningham-Rundles C., Dasu T., Dave N., de la Morena M.T., Duffner U., Fong C.T., Forbes L., Freedenberg D., Gelfand E.W., Hale J.E., Hanson I.C., Hay B.N., Hu D., Infante A., Johnson D., Kapoor N., Kay D.M., Kohn D.B., Lee R., Lehman H., Lin Z., Lorey F., Abdel-Mageed A., Manning A., McGhee S., Moore T.B., Naides S.J., Notarangelo L.D., Orange J.S., Pai S.Y., Porteus M., Rodriguez R., Romberg N., Routes J., Ruehle M., Rubenstein A., Saavedra-Matiz C.A., Scott G., Scott P.M., Secord E., Seroogy C., Shearer W.T., Siegel S., Silvers S.K., Stiehm E.R., Sugerman R.W., Sullivan J.L., Tanksley S., Tierce M.L. 4 th , Verbsky J., Vogel B., Walker R., Walkovich K., Walter J.E., Wasserman R.L., Watson M.S., Weinberg G.A., Weiner L.B., Wood H., Yates A.B., Puck J.M., Bonagura V.R. Newborn screening for severe combined immunodeficiency in 11 screening programs in the United States. JAMA, 2014, Vol. 312, no. 7, pp.729-738.
29. Kwan A., Church J.A., Cowan M.J., Agarwal R., Kapoor N., Kohn D.B., Lewis D.B., McGhee S.A., Moore T.B., Stiehm E.R., Porteus M., Aznar C.P., Currier R., Lorey F., Puck J.M. Newborn screening for severe combined immunodeficiency and T-cell lymphopenia in California: results of the first 2 years. J. Allergy Clin. Immunol., 2013, Vol. 132, pp. 140-150.
30. la Marca G., Canessa C., Giocaliere E., Romano F., Malvagia S., Funghini S., Moriondo M., Valleriani C., Lippi F., Ombrone D., Della Bona ML., Speckmann C., Borte S., Brodszki N., Gennery A.R., Weinacht K., Celmeli F., Pagel J., de Martino M., Guerrini R., Wittkowski H., Santisteban I., Bali P., Ikinciogullari A., Hershfield M., Notarangelo LD., Resti M., Azzari C. Diagnosis of immunodeficiency caused by a purine nucleoside phosphorylase defect by using tandem mass spectrometry on dried blood spots. J. Allergy Clin. Immunol., 2014, Vol. 134, no. 1, pp. 155-159.
31. Liao H.C., Liao C.H., Kao S.M., Chiang C.C., Chen Y.J. Detecting 22q11.2 deletion syndrome in newborns with low T Cell receptor excision circles from severe combined immunodeficiency screening. J. Pediatr., 2019, Vol. 204, pp. 219-224.e1.
32. Lingman Framme J., Borte S., von Döbeln U., Hammarström L., Oskarsdóttir S. Retrospective analysis of TREC based newborn screening results and clinical phenotypes in infants with the 22q11 deletion syndrome. J. Clin. Immunol., 2014, Vol. 34, no. 4, pp. 514-519.
33. Linnet K. Two-stage transformations for normalization of reference distributions evaluated. Clin. Chem., 1987, Vol. 33, pp. 381-386.
34. Mahlaoui N., Gathmann B., Kindle G., Ehl S., on behalf of the ESID Registry Working Party Steering Committee (Quinti I., Grimbacher B., Buckland M., Seidel M., van Montfrans J., and the ESID Society. The European Society for Immunodeficiencies (ESID) Registry: recent advancements in the epidemiology of Primary Immunodeficiencies and how does that translate in clinical care. Rare Dis. Orph. Drugs, 2014, Vol. 1, no. 4, Suppl. 4.
35. Mahlaoui N., Jais J.P., Brosselin P., Mignot C., Beaurain B., Brito C., Costes L., Courteille V., de Vergnes N., Alcaïs A., Fischer A.; CEREDIH Prevalence Study Collaborators. Prevalence of primary immunodeficiencies in France is underestimated. J. Allergy Clin. Immunol., 2017, Vol. 140, no. 6, pp. 1731-1733.
36. Marschall K., Hoernes M., Bitzenhofer-Grüber M., Jandus P., Duppenthaler A., Wuillemin W.A., Rischewski J., Boyman O., Heininger U., Hauser T., Steiner U., Posfay-Barbe K., Seebach J., Recher M., Hess C., Helbling A., Reichenbach J.; Swiss PID Registry Working Group. The Swiss National Registry for Primary Immunodeficiencies: report on the first 6 years’ activity from 2008 to 2014. Clin. Exp. Immunol., 2015, Vol. 182, no. 1, pp. 45-50.
37. Mayo Foundation for Medical Education and Research, Test ID: CBC. [Electronic resource]. Access mode: https://www.mayocliniclabs.com/test-catalog/Clinical+and+Interpretive/9109.
38. National Committee for Clinical Laboratory Standards. NCCLS. How to define and determine reference intervals in the clinical laboratory; Approved guideline. Second Edition. NCCLS document C28-A2, 2000, Vol. 20, no. 13.
39. Nourizadeh M., Shakerian L., Borte S., Fazlollahi M., Badalzadeh M., Houshmand M., Alizadeh Z., Dalili H., Rashidi-Nezhad A., Kazemnejad A., Moin M., Hammarström L., Pourpak Z. Newborn screening using TREC/ KREC assay for severe T and B cell lymphopenia in Iran. Scand. J. Immunol., 2018, Vol. 6, e12699. doi: 10.1111/sji.12699.
40. Poole S., Schroeder L.F., Shah N. An unsupervised learning method to identify reference intervals from a clinical database. J. Biomed. Inform., 2016, Vol. 59, pp. 276-284.
41. Puck J.M. Newborn screening for severe combined immunodeficiency and T-cell lymphopenia. Immunol. Rev., 2019, Vol. 287, no. 1, pp. 241-252.
42. Rechavi E., Lev A., Simon A.J., Stauber T., Daas S., Saraf-Levy T., Broides A., Nahum A., Marcus N., Hanna S., Stepensky P., Toker O., Dalal I., Etzioni A., Almashanu S., Somech R. First year of Israeli newborn screening for severe combined immunodeficiency – clinical achievements and insights. Front. Immunol., 2017, Vol. 6, no. 8, 1448. doi: 10.3389/fimmu.2017.01448.
43. Richards S., Pitt J., Choo S. Newborn screening for severe combined immunodeficiency: Evaluation of a commercial T-cell receptor excision circle-based method in Victorian dried blood spots. J. Paediatr. Child Health., 2018, Vol. 54, no. 1, pp. 14-19.
44. Routes J.M., Grossman W.J., Verbsky J., Laessig R.H., Hoffman G.L., Brokopp C.D., Baker M.W. Statewide newborn screening for severe T-cell lymphopenia. JAMA, 2009, Vol. 302, no. 22, pp. 2465-2470.
45. Shillitoe B., Bangs C., Guzman D., Gennery A.R., Longhurst H.J., Slatter M., Edgar D.M., Thomas M., Worth A., Huissoon A., Arkwright P.D., Jolles S., Bourne H., Alachkar H., Savic S., Kumararatne D.S., Patel S., Baxendale H., Noorani S., Yong P.F.K., Waruiru C., Pavaladurai V., Kelleher P., Herriot R., Bernatonienne J., Bhole M., Steele C., Hayman G., Richter A., Gompels M., Chopra C., Garcez T., Buckland M. The United Kingdom Primary Immune Deficiency (UKPID) registry 2012 to 2017. Clin. Exp. Immunol., 2018, Vol. 192, no. 3, pp. 284-291.
46. Solberg H.E.. The IFCC recommendation on estimation of reference intervals. The RefVal program. Clin. Chem. Lab. Med., 2004, Vol. 42, no. 7, pp. 710-714.
47. Somech R., Lev A., Simon A.J., Korn D., Garty B.Z., Amariglio N., Rechavi G., Almashanu S., Zlotogora J., Etzioni A. Newborn screening for severe T and B cell immunodeficiency in Israel: a pilot study. Isr. Med. Assoc. J., 2013, Vol. 15, pp. 404-409.
48. Speckmann C., Neumann C., Borte S., la Marca G., Sass J.O., Wiech E., Fisch P., Schwarz K., Buchholz B., Schlesier M., Felgentreff K., Grimbacher B., Santisteban I., Bali P., Hershfield M.S., Ehl S. Delayed-onset adenosine deaminase deficiency: strategies for an early diagnosis. J. Allergy Clin. Immunol., 2012, Vol. 130, no. 4, pp. 991-994.
49. Tagliaferri L., Kunz J.B., Happich M., Esposito S., Bruckner T., Hübschmann D., Okun J.G., Hoffmann G.F., Schulz A., Kappe J., Speckmann C., Muckenthaler M.U., Kulozik A.E. Newborn screening for severe combined immunodeficiency using a novel and simplified method to measure T-cell excision circles (TREC). Clin. Immunol., 2017, Vol. 175, pp. 51-55.
50. Tamura S., Higuchi K., Tamaki M., Inoue C., Awazawa R., Mitsuki N., Nakazawa Y., Mishima H., Takahashi K., Kondo O., Imai K., Morio T., Ohara O., Ogi T., Furukawa F., Inoue M., Yoshiura K., Kanazawa N. Novel compound heterozygous DNA ligase IV mutations in an adolescent with a slowly-progressing radiosensitivesevere combined immunodeficiency. Clin. Immunol., 2015, Vol. 160, no. 2, pp. 255-260.
51. Taneja A., Chhabra A. Bruton Agammaglobulinemia. StatPearls [Internet], 2018. [Electronic resource]. Access mode: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK448170/.
52. Tukey J.W. Exploratory Data Analysis. Addison Wesley, 1977.
53. Verbsky J.W., Baker M.W., Grossman W.J., Hintermeyer M., Dasu T., Bonacci B., Reddy S., Margolis D., Casper J., Gries M., Desantes K., Hoffman G.L., Brokopp C.D., Seroogy C.M., Routes J.M. Newborn screening for severe combined immunodeficiency; the Wisconsin experience (2008-2011). J. Clin. Immunol., 2012, Vol. 32, pp. 82-88.
54. Verstegen R.H., Borte S., Bok L.A., van Zwieten P.H., von Döbeln U., Hammarström L., de Vries E. Impact of Down syndrome on the performance of neonatal screening assays for severe primary immunodeficiency diseases. J. Allergy Clin. Immunol., 2014, Vol. 133, no. 4, pp. 1208-1211.
Рецензия
Для цитирования:
Гордукова М.А., Корсунский И.А., Чурсинова Ю.В., Бяхова М.М., Оскорбин И.П., Продеус А.П., Филипенко М.Л. ОПРЕДЕЛЕНИЕ РЕФЕРЕНСНЫХ ИНТЕРВАЛОВ TREC И KREC ДЛЯ СКРИНИНГА НОВОРОЖДЕННЫХ С ИММУНОДЕФИЦИТНЫМИ СОСТОЯНИЯМИ В РФ. Медицинская иммунология. 2019;21(3):527-538. https://doi.org/10.15789/1563-0625-2019-3-527-538
For citation:
Gordukova M.A., Korsunsky I.A., Chursinova Yu.V., Byakhova M.M., Oscorbin I.P., Prodeus A.P., Filipenko M.L. DETERMINING REFERENCE RANGES FOR TREC AND KREC ASSAYS IN IMMUNE DEFICIENCY SCREENING OF NEWBORNS IN RUSSIAN FEDERATION. Medical Immunology (Russia). 2019;21(3):527-538. (In Russ.) https://doi.org/10.15789/1563-0625-2019-3-527-538