Генерация иммунокомпетентных клеток из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток является ценной моделью для изучения механизмов регуляции гемопоэза и перспективным подходом к разработке новых методов иммунотерапии различных заболеваний, включая наследственные, онкологические и инфекционные. К настоящему времени показана возможность получения из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека различных клеток иммунной системы, в том числе макрофагов, нейтрофилов, естественных киллеров и Т-лимфоцитов. Однако предложенные протоколы носят в основном экспериментальный характер и для дальнейшего применения требуют оптимизации, стандартизации и масштабирования. Решение этих задач, в свою очередь, требует наличия методов ранней оценки эффективности проводимой дифференцировки. В настоящей работе оценивали возможность использования проточной цитометрии для мониторинга эффективности ранних этапов гемопоэтической дифференцировки индуцированных плюрипотентных стволовых клеток. Гемопоэтическую и миелоидную дифференцировку индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека проводили с использованием двух протоколов, предложенных ранее для генерации макрофагов из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток. Использованные протоколы различались по условиям проведения ранних и поздних стадий дифференцировки. Ранние этапы дифференцировки различались по способу индукции образования мезодермальных клеток и гемогенного эндотелия: дифференцировка в условиях 2D с добавлением экзогенных факторов, стимулирующих мезодермальное направление дифференцировки («фактор-зависимый» протокол) или в условиях 3D без добавления экзогенных факторов («спонтанный» протокол). На более поздних стадиях протоколы различались по набору экзогенных факторов, использующихся для индукции гемопоэтической и миелоидной спецификации (SCF, FGF2, IL-6, IL-3 и M-CSF или только IL-3 и M-CSF). В процессе дифференцировки с использованием обоих протоколов проводили анализ экспрессии маркеров мезодермы, гемогенного эндотелия и гемопоэтических клеток (CD309, CD34, CD31, CD43 и CD45). На начальных стадиях дифференцировки основным фенотипическим изменением было появление экспрессии на клетках рецептора к фактору роста эндотелия сосудов CD309, экспрессии сиалофорина CD43, а также антигена CD34. При использовании фактор-зависимого 2D-протокола эти изменения фиксировались раньше и были более выраженными, чем при использовании протокола, основанного на спонтанной дифференцировке клеток в условиях 3D. Полученные результаты позволяют заключить, что определение экспрессии CD309 и/или CD43 может быть использовано для ранней предикции успешности дифференцировки иПСК в гемопоэтическом направлении.