mimmunМедицинская иммунологияMedical Immunology (Russia)1563-06252313-741XSPb RAACI10.15789/1563-0625-2019-3-457-466mimmun-1819Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESВНЕБОЛЬНИЧНАЯ ПНЕВМОНИЯ У ВИЧ-ИНФИЦИРОВАННЫХ: МИКРОФЛОРА, АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТЬ, РОЛЬ В РАЗВИТИИ В ЗАВИСИМОСТИ ОТ УРОВНЯ CD4-ЛИМФОЦИТОВCOMMUNITY-ACQUIRED PNEUMONIA IN HIV-INFECTED SUBJECTS: MICROFLORA, ANTIBIOTIC RESISTANCE: DEPENDENCE ON THE LEVELS OF CD4 LYMPHOCYTESАкушеваД. Н.AkushevaD. N.

преподаватель кафедры микробиологии им. доцента Б.М. Зельмановича

г. Красноярск

Lecturer, B.M. Zelmanovich Department of Microbiology

Krasnoyarsk

ХохловаО. Е.KhokhlovaО. Е.

к.б.н., доцент

660022, г. Красноярск, ул. Партизана Железняка, 1.Тел.: 8 (391) 220-13-61.

PhD (Biology), Associate Professor

660022, Krasnoyarsk, Partizan Zheleznyak str., 1.Phone: 7 (391) 220-13-61.

khokhlovaol@mail.ruКамшиловаВ. В.KamshilovaV. V.

к.б.н.

г. Красноярск

PhD (Biology)

Krasnoyarsk

МотоваА. И.MotovaA. I.

врач

г. Красноярск

Doctor

Krasnoyarsk

ПерьяноваО. В.PeryanovaО. V.

к.б.н., заведующая кафедрой

г. Красноярск

PhD (Biology), Head of the Department

Krasnoyarsk

УпироваА. А.UpirovaA. A.

заведующая отделением

г. Красноярск

Head of the Department

Krasnoyarsk

ПоткинаН. К.PotkinaN. К.

научный сотрудник

г. Красноярск

Research Associate

Krasnoyarsk

ЯмамотоТатсуоYamamotoTatsuo

к.м.н., профессор, директор

Ниигата

PhD (Medicine), Professor, Director

Niigata

ФГБОУ ВО «Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В.Ф. Войно-Ясенецкого» Министерства здравоохранения РФ; Российско-Японский центр микробиологии, метагеномики и инфекционных заболеванийРоссияKrasnoyarsk State V.F. Voyno-Yasenetsky Medical University; Russian-Japanese Center of Microbiology, Мetagenomics and Infectious DiseasesRussian FederationКГБУЗ «Красноярская межрайонная клиническая больница скорой медицинской помощи имени Н.С. Карповича»РоссияKrasnoyarsk State N.S. Karpovich Emergency HospitalRussian FederationМеждународный медицинский образовательно-исследовательский центр (IMERC)ЯпонияInternational Medical Education and Research CenterJapan201912072019213457466Copyright © Акушева Д.Н., Хохлова О.Е., Камшилова В.В., Мотова А.И., Перьянова О.В., Упирова А.А., Поткина Н.К., Ямамото Т., 20192019Акушева Д.Н., Хохлова О.Е., Камшилова В.В., Мотова А.И., Перьянова О.В., Упирова А.А., Поткина Н.К., Ямамото Т.Akusheva D.N., Khokhlova О.Е., Kamshilova V.V., Motova A.I., Peryanova О.V., Upirova A.A., Potkina N.К., Yamamoto T.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.mimmun.ru/mimmun/article/view/1819

Гнойно-воспалительные заболевания различной нозологии и этиологии у ВИЧ-инфицированных являются одной из главных причин их гибели. Целью данной работы явилось определение спектра возбудителей внебольничной пневмонии и профиля их резистентности, зависимости от уровня CD4-лимфоцитов, а также выявление роли метициллинрезистентных Staphylococcus aureus и их молекулярно-генетических особенностей у ВИЧ-инфицированных пациентов г. Красноярска. В период 2012-2016 гг. было обследовано 152 ВИЧ-инфицированных пациента пульмонологического отделения с клиническим диагнозом «внебольничная пневмония». От больных забирались мокрота, бронхоальвеолярный лаваж, плевральная жидкость, промывные воды, гной из плевры, а также мазок из носа и зева на выявление микрофлоры, кровь на стерильность. Использован бактериологический метод. Антибиотикочувствительность определяли диско-диффузионным методом; чувствительность стафилококков проводили методом скрининга, ПЦР, методом серийных разведений в плотной среде в соответствии с международными рекомендациями СLSI, EUCAST. Для генотипирования и определения молекулярно-генетических особенностей – ПЦР, М-ПЦР, секвенирование. Обработку результатов проводили с использованием компьютерной программы WHONET (ВОЗ). Уровень значимости p < 0,05. На протяжении всего периода исследования от ВИЧ-инфицированных пациентов неизменно выделялись дрожжеподобные грибы рода Candida (30,4 и 35,6%). Данные микроорганизмы выделялись в монокультуре в этиологически значимом количестве от каждого третьего ВИЧ-инфицированного пациента. При этом они являлись активными ассоциантами, наиболее часто образуя ассоциации с представителями семейства Enterobacteriaceae. При этом установили, что наиболее часто грибы рода Candida в нижних отделах дыхательных путей выявлялись у ВИЧ-инфицированных с тяжелым иммунодефицитом с уровнем CD4 < 200 клеток/мкл. Также были выделены неферментирующие грамотрицательные бактерии (12,9%), стафилококки (8,9%), представители семейства Enterobacteriaceae (4,4%). Микроорганизмы характеризовались полирезистентностью к антимикробным препаратам. Клоном MRSA среди ВИЧ-инфицированных являлся ST239/spa3(t037)/ agr1/SCCmecIII.1.1.2(IIIA)/coaIV/tst+; характеризуюшийся высоким уровнем вирулентности и мультирезистентностью. Таким образом, установлено, что в развитии внебольничной пневмонии у ВИЧ-инфицированных пациентов играют роль полирезистентные микроорганизмы, в том числе грибы рода Candida, грамотрицательные микроорганизмы, MRSA, зачастую в составе микробных ассоциаций. Наиболее часто грибы рода Candida выявлялись у ВИЧ-инфицированных с тяжелым иммунодефицитом с уровнем CD4 < 200 клеток/мкл. Высокая частота выделения таких штаммов требует коррекции антимикробной терапии внебольничной пневмонии у ВИЧ-инфицированных.

Purulent inflammatory diseases of various types and etiology comprise major causes of death among the HIV-infected individuals. The purpose of this work was to determine a variety of communityacquired pathogens causing pneumonia, their antibiotic resistance profiles, and dependence on the CD4 lymphocyte levels, as well as identification of methicillin-resistant Staphylococcus aureus species and their molecular genetic characteristics in HIV-infected patients from the Krasnoyarsk City. Over the period of 2012 to 2016, we have examined 152 HIV-infected patients at the Clinical Pulmonology Department with a verified diagnosis of community-acquired pneumonia. Sputum specimens, bronchoalveolar lavage, pleural fluid, washings, pleural pus, as well as nasal and pharyngeal smears were studied for microflora, and blood tests for sterility were performed in these patients, by means of bacteriological techniques. Antibiotic sensitivity was determined by the disc diffusion method; drug sensitivity of staphylococci was performed by screening, PCR technique, serial dilution in semi-solid medium, according to the CLSI and EUCAST recommendations. PCR, M-PCR, and gene sequencing were applied for genotyping and determination of their genetic features. The results were processed with WHONET digital program (WHO). The significance level was p < 0.05. During the entire study period, the yeast-like fungi of Candida genus (30.4 and 35.6%) were consistently isolated from HIV-infected patients. These microorganisms were isolated in a pure cultures at etiologically significant amounts from one-third of the HIV-infected cohort. At the same time, they formed active associations, mostly with Enterobacteriaceae family members. At the same time, Candida fungi were most frequently detected in the lower respiratory tract of those HIV-infected persons who showed severe immunodeficiency (CD4 cell levels < 200 cells/µl). We have also isolated non-fermenting Gram-negative bacteria (12.9%), staphylococci (8.9%), and Enterobacteriaceae (4.4%). The microorganisms were characterized by polyresistance to antimicrobial agents. The MRSA clone circulating in the HIV-infected cohort was characterized as ST239/spa3(t037) /agr1/SCCmecIII.1.1.2 (IIIA)/coaIV/tst+ with high virulence and multiresistance levels. Hence, we have found a number of poly-resistant microorganisms playing a role for development of community-acquired pneumonia in HIV-infected patients, i.e., Candida spp, Gram-negative microorganisms, MRSA, often presenting a component of microbial associations. Candida fungi were detected most often in the HIV-infected individuals with severe immunodeficiency, at the CD4 level of < 200 cells/µl. High detection frequency of such microflora requires some modifications of antimicrobial therapy in HIV-infected subjects affected by the community-acquired pneumonia.

пневмонияВИЧ-инфицированныеCD4-лимфоцитымикрофлораантибиотикорезистентностьMRSAмолекулярно-генетические особенностиpneumoniaHIV-infectedCD4 lymphocytesmicrofloraantibiotic resistanceMRSAmolecular genetic featuresReferencesБуркина Е.С., Шахова Т.С., Михайлова Н.Р. Структура летальных исходов и частота встречаемости оппортунистических заболеваний у больных ВИЧ-инфекцией г. Оренбурга // Вестник совета молодых ученых и специалистов Челябинской области, 2017. Т. 4, № 19. С. 18-20.Burkina E.S., Shakhova T.S., Mikhaylova N.R. The structure of deaths and the incidence of opportunistic diseases in patients with hiv infection in the city of Orenburg. Vestnik soveta molodykh uchionykh i spetsialistov Chelyabinskoy oblasti = Bulletin of the Council of Young Scientists and Specialists of the Chelyabinsk Region, 2017, Vol. 4, no. 19, pp. 18-20. (In Russ.)Гяургиева О.Х. Кандидоз кожи при ВИЧ-инфекции // Успехи современной науки и образования, 2016. Т. 3, № 1. С. 20-22.Gyaurgieva O.Kh. Candidiasis of skin with hiv infection. Uspekhi sovremennoy nauki i obrazovaniya = Modern Science Success, 2016, Vol. 3, no. 1, pp. 20-22.(In Russ.)Долгова О.Б., Соколова С.Л., Корешников А.В. Вторичные инфекционные заболевания при ВИЧ-инфекции в стадии СПИД // MEDICUS, 2016. Т. 6, № 12. С. 86-89.Dolgova O.B., Sokolova S.L., Koreshnikov A.V. Postprimary contagious diseases at hiv infection of aids stage. MEDICUS, 2016, Vol. 6, no. 12, pp. 86-89. (In Russ.)Кузьменков А.Ю., Трушин И.В., Авраменко А.А., Эйдельштейн М.В., Дехнич А.В., Козлов Р.С. AMRmap: Интернет-платформа мониторинга антибиотикорезистентности // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия, 2017. T. 19, № 2. С. 84-90.Kuzmenkov A.Yu, Trushin I.V., Avramenko A.A., Eidelstein M.V., Dekhnich A.V., Kozlov R.S. AMRmap: an online platform for monitoring antibiotic resistance. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2017, Vol. 19, no. 2, pp. 84-90.(In Russ.)Николенко В.В., Воробьева Н.Н., Николенко А.В., Окишев М.А. Клинические особенности течения внебольничных пневмоний, вызванных Streptococcus рneumoniaеи Staphylococcus aureus, у ВИЧ-инфицированных пациентов // Пермский медицинский журнал, 2016. Т. 33, № 5. С. 9-14.Nikolenko V.V., Vorobyova N.N., Nikolenko A.V., Okishev M.A. Clinical peculiarities of community-acquired pneumonia course induced by Streptococcus pneumoniaand Staphylococcus aureusin HIV-infected patients. Permskiy meditsinskiy zhurnal = Perm Medical Journal, 2016, Vol. 33, no. 5, pp. 9-14. (In Russ.)Солонин С.А., Шахова О.Б., Белова М.В., Годков М.А. Нозологическая и возрастно-половая структура ВИЧ-инфицированных пациентов, поступающих в стационар скорой медицинской помощи // Архивъ внутренней медицины, 2018. Т. 8, № 3. С. 194-203.Solonin S.A., Shakhova O.B., Belova M.V., Godkov M.A. Medical conditions, age and sex structure of patients infected with HIV at emergency hospital. Arkhiv vnutrenney meditsiny = Russian Archives of Internal Medicine, 2018, Vol. 8, no. 3, pp. 194-203. (In Russ.)Фенотипическое определение Enterobacter – продуцентов β-лактамаз расширенного спектра: обзор и руководство по проведению испытаний. Европейское общество клинической микробиологии и инфекционных болезней // Клиническая микробиология и инфекционные заболевания, 2008. Т. 14. С. 90- 103.Phenotypic determination of Enterobacter – producers of extended-spectrum β-lactamases: a review and a test guide. European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases.Klinicheskaya mikrobiologiya i infektsionnye zabolevaniya = Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2008, Vol. 14, pp. 90-103. (In Russ.)Хохлова О.Е., Акушева Д.Н., Перьянова О.В., Корецкая Н.М., Абарникова О.В., Королькова Е.К., Белоусова Ю.Н., Саламатина О.В., Безручкина Т.Н., Князева К.М., Шогжал И.С., Поткина Н.К., Элярт В.Ф., Ямамото T. Молекулярно-генетические особенности метициллинрезистентных S. aureus, выделенных от лиц пенитенциарной системы, инфицированных ВИЧ // Сибирское медицинское обозрение, 2018. № 2. С. 13-18.Khokhlova O.E., Akusheva D.N., Peryanova O.V., Koretskaya N.M., Abarnikova O.V., Korolkova E.K., Belousova Yu.N., Salamatina O.V., Bezruchkina T.N., Knyazeva K.M., Shogzhal I.S., Potkina N.K., Elyarte V.F., Yamamoto T. Molecular-genetic features of methicillin-resistant S. aureus, have got from the persons of the penitentiary system, infected with HIV. Sibirskoe meditsinskoe obozrenie = Siberian Medical Review, 2018, no. 2, pp. 13-18. (In Russ.)Чарушина И.П., Фельдблюм И.В., Баландина. С.Ю. Александрова Г.А., Смирнова Л.Н., Маркович Н.И. Сравнительная оценка обсемененности грибами Сandida albicansпациентов и объектов больничной среды стационара для ВИЧ-инфицированных при регистрации случаев инвазивного кандидоза и в благополучный период // Профилактическая и клиническая медицина, 2017. Т. 1, № 62. С. 5-11.Charushina I.P., Feldbljum I.V., Balandina S.Ju., Aleksandrova G.A., Smirnova L.N., Markovich N.I. Сomparison of micromycetes Сandida albicanscontamination in patients and medical items in the hospital for hiv-infected patients with invasive candidiasis and in a welfare period. Profilakticheskaya i klinicheskaya meditsina = Preventive and Clinical Medicine, 2017, Vol. 1, no. 62, pp. 5-11. (In Russ.)Шабунова А.А., Калачикова О.Н., Короленко А.В. Обзор мировых и региональных тенденций заболеваемости ВИЧ-инфекцией и обусловленной ей смертности // Социальные аспекты здоровья населения, 2017. Т. 54, № 2. С. 9-13.Shabunova A.A., Kalachikova O.N., Korolenko A.V. Review of global and regional trends in HIV morbidity and mortality. Sotsialnye aspekty zdorovya naseleniya = Social Aspects of Public Health, 2017, Vol. 54, no. 2, pp. 9-15. (In Russ.)Drieux L., Brossier F., Sougakoff W., et al. Phenotypic detection of extended-spectrum β-lactamase production in Enterobacteriaceae: review and bench guide. Clin. Microbiol. Infect., 2008, Vol. 14, рр. 90-103.Drieux L., Brossier F., Sougakoff W., et al. Phenotypic detection of extended-spectrum β-lactamase production in Enterobacteriaceae: review and bench guide. Clin. Microbiol. Infect., 2008, Vol. 14, рр. 90-103.International working group on the classification of staphylococcal cassette chromosome elements (IWGSCC). Classification of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec): guidelines for reporting novel SCCmec elements. Agents Chemother., 2009, Vol. 53, pp. 4961-4967.International working group on the classification of staphylococcal cassette chromosome elements (IWGSCC). Classification of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec): guidelines for reporting novel SCCmec elements. Agents Chemother., 2009, Vol. 53, pp. 4961-4967.Mkoko P., Raine R.I. HIV-positive patients in the intensive care unit: A retrospective audit. S. Afr. Med. J., 2017, Vol. 107, no. 10, pp. 877-771.Mkoko P., Raine R.I. HIV-positive patients in the intensive care unit: A retrospective audit. S. Afr. Med. J., 2017, Vol. 107, no. 10, pp. 877-771.Takano T., Hung W.C., Shibuya M., Higuchi W., Iwao Y., Nishiyama A., Reva I., Khokhlova O.E., Yabe S., Ozaki K., Takano M., Yamamoto T. A new local variant (ST764) of the globally disseminated ST5 lineage of hospitalassociated methicillin-resistant Staphylococcus aureus(MRSA) carrying the virulence determinants of communityassociated MRSA. Antimicrob. Agents Chemother., 2013, Vol. 57, no. 4, pp. 1589-1595.Takano T., Hung W.C., Shibuya M., Higuchi W., Iwao Y., Nishiyama A., Reva I., Khokhlova O.E., Yabe S., Ozaki K., Takano M., Yamamoto T. A new local variant (ST764) of the globally disseminated ST5 lineage of hospitalassociated methicillin-resistant Staphylococcus aureus(MRSA) carrying the virulence determinants of communityassociated MRSA. Antimicrob. Agents Chemother., 2013, Vol. 57, no. 4, pp. 1589-1595.van der Zwaluw K., de Haan A., Pluister G.N., Bootsma H.J., de Neeling A.J., Schouls L.M. The carbapenem inactivation method (CIM), a simple and low-cost alternative for the Carba NP test to assess phenotypic carbapenemase activity in gram-negative rods. PLoS ONE, 2015, Vol. 10, no. 3, pp. 1-12.van der Zwaluw K., de Haan A., Pluister G.N., Bootsma H.J., de Neeling A.J., Schouls L.M. The carbapenem inactivation method (CIM), a simple and low-cost alternative for the Carba NP test to assess phenotypic carbapenemase activity in gram-negative rods. PLoS ONE, 2015, Vol. 10, no. 3, pp. 1-12.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.